M1. Chapitre 5.Activité 1 : découverte des protéines et de la liaison peptidique

Au cours de la traduction des protéines, le ribosome permet la création de la liaison peptidique.

La protéine est synthétisée sous une chaîne linéairedépliéelinéaire qui correspond à la structure premièreinitialeprimaireprimaire des protéines.

Cette structure est caractérisée par sa ordrenaturebeautéséquencesuiteséquence c'est-à-dire l'ordre et la naturepositionnature des acides aminés qui sont liés entre eux.

La chaîne peptidique qui est créée par l'association des acides aminés présente une conformation particulière. En effet, les atomes qui sont impliqués dans la liaison peptidique adoptent une conformation dite en cistranstrans.

Cela veut dire, que les groupements CO et NH sont projetés en sens identiqueopposéunilatéralopposé par rapport au plan de la liaison. La chaîne peptidique adopte donc une allure brisée qui ressemble à un zag zigzizagtonserpentzig zagzig zag.

Par ailleurs, les radicaux ou chaînes horizontalesverticaleslatéraleslatérales des acides aminés qui composent la chaîne sont eux aussi projetés en sens opposés.

La rotation des acides aminés est influencée par leur espaceencombrementpositionencombrement stérique ; c'est-à-dire la place qu'occupe les radicaux les uns par rapport aux autres.

Ils se créer donc des angles de rotation dont la valeur permet l'obtention des structures secondairessupérieurestertiairessecondaires : tourbillonhélicebrinfeuillethélice alpha ou hélicebrinfeuilletfeuillet bêta.

La liaison peptidique est une liaison covalente entre l'atome de carbone C la fonction COOH d'un acide aminé et l'atome N d'une fonction NH₃⁺ d'un autre acide aminé. Il se créer donc deux groupements après condensation :

• CONHNH2COO-CO d'un acide aminé

• CONHNH2COO-NH d'un autre acide aminé

Comme l'oxygènehydrogèneazoteoxygène est plus électronégatif que l'azotehydrogèneoxygèneazote, les électrons délocalisés de la liaison peptidique sont plus proches de l'oxygèneazoteoxygène et donc l'oxygène se charge donc positivementnégativementnégativement et l'azote positivementnégativementpositivement.

La liaison peptidique adopte donc un caractère polarisée, on dit qu'elle est polaire.

Cela induit un déplacement de la double liaison et on dit que la liaison est une double liaison totaleen partiepartiellepartielle.